Tên tuổi của Bojan Krkic bắt đầu nổi lên sau khi anh tham dự giải vô địch U17 thế giới vào năm 2007 ở Hàn Quốc, giải đấu mà anh trở thành vua phá lưới với 5 bàn. Ở giải đó, anh là thành phần chủ chốt của đội U17 Tây Ban Nha, giúp đội tuyển vào chung kết và thua U17 Nigeria. Trận đó, Bojan đã không thể ra sân do bị treo giò bởi thẻ đỏ ở trận bán kết gặp U17 Ghana.

Bojan còn cùng đội U21 Tây Ban Nha tham dự giải U21 châu Âu tổ chức ở Thụy Điển. Tuy nhiên, giải đó đội U21 Tây Ban Nha của Krkic đã không thi đấu thành công và bị loại từ vòng bảng.

Anh đã từ chối lời gọi vào đội tuyển bóng đá quốc gia Serbia để chọn đội tuyển bóng đá quốc gia Tây Ban Nha. Vào ngày 1 tháng 2 năm 2008, Bojan được huấn luyện viên Luis Aragonés triệu tập vào đội tuyển chuẩn bị cho trận gặp đội tuyển bóng đá quốc gia Pháp. Bojan đã có cơ hội để trở thành cầu thủ trẻ nhất từng ra sân cho đội tuyển ở tuổi 17, 5 tháng và 9 ngày, đánh bại kỷ lục của Ángel Zubieta khi ở tuổi 17 và 9 tháng đã được tồn tại trong 70 năm. Tuy nhiên, Bojan đã bị chấn thương và không thể ra sân.

Anh có trận ra mắt cho đội tuyển vào ngày 10 tháng 9 năm 2008 (ở tuổi 18 và 13 ngày) dưới Triều đại Vicente del Bosque gặp đội tuyển bóng đá quốc gia Armenia, khi anh vào sân ở 10 phút cuối thay Santi Carzola.[28]